El monasterio está situado intramuros de la villa, junto al Arco de la Cárcel, en la calle de las Monjas. Se ha considerado, con el paso del tiempo, que ocupa parte del espacio donde estuvo asentada la judería y que la iglesia se alza en el lugar donde se encontraba la sinagoga.
Fue una fundación de la familia Rodríguez de Santa Cruz en el año 1468. En 1478 se instaló una comunidad de monjas de la Orden de S. Agustín que permanece activa.
De la primitiva construcción se conserva la iglesia, algunas dependencias monásticas y parte de las altas tapias que lo delimitan, donde son visibles algunos restos y el trazado de la muralla que cerraba la villa.
En el interior del monasterio se encuentra la iglesia conventual, abierta al culto. Se construyó a mediados del s.XV, pero la mayor parte del templo data de la primera mitad del siglo XVI, en concreto de la reforma o reedificación llevada a cabo por García de Salamanca Santa Cruz, abad de Foncea y canónigo de la catedral de Burgos. Se trata de un edificio del gótico final, de tres naves de dos tramos de distinta altura y anchura, dos coros a los pies uno de ellos para la comunidad; la cabecera es poligonal muy profunda. El templo se cubre con bóvedas de crucería y estrelladas.
